História
A história desse monumento ainda não está totalmente esclarecida. Os cientistas que estudam a antiguidade da Indonesia frequentemente se deparam com gravuras em pedras de difícil solução. Contudo, não se conservou nenhuma inscrição sobre a construção do Borobodur, que esclarecesse sua causa e o tempo em que foi construído. Por isso não é possível saber precisamente o ano de início de sua construção e nem o de término.

Construção
O século VIII foi o período no qual reinou a poderosa e rica dinastia Sailendro em Java. Durante o século VIII e IX, muito evoluiu a arquitetura da Java central, que se tornou o centro de poder da ilha. Em uma área de 10km2 se conservam mais de 25 templos budistas e hindus, dos quais faz parte o complexo de Prambanan.

Quem começou a construção do Borobudur foram os reis da dinastia hindu Sanjaya, mas logo a cessaram. No ano de 780, os reis da dinastia budista Sailendro começaram a governar a região e continuaram a construção. Mas eles adaptaram o complexo segundo seu próprio conceito de mundo. Isto significa que eles trasformaram a construção originalmente hinduista em um grandioso monumento budista.

Para a construção foram utilizados 60.000 m3 de andesito (material vulcânico) proveniente dos rios das redondezas.

Migração populacional
No século XIX, a dinastia Sanjaya retornou ao poder. No ano de 928, aproximadamente 70 anos após a construção do Borobodur, aconteceu uma grande erupção vulcânica. Os javaneses acreditaram que este evento significava a perda da aura do local. Neste período também começou o desenvolvimento da regiões litorâneas graças às relações comerciais com os habitantes das ilhas Molucas e posteriormente com outros países asiáticos. Talvez por esses motivos o centro de poder se deslocou para o oeste de Java, onde seria mais fácil controlar o comércio que prosperava.

Do período ente o ano de 919 e o século XIII, não foram encontrados nem escritos nem templos na Java central. Mas neste tempo o Borobodur não foi esquecido. Pesquisas arqueológicas confirmam, que mesmo depois do da mudança do centro de poder ao oriente haviam habitantes nas redondezas, que utilizavam a construção como seu santuário. Na região foi encontrada cerâmica chinesa do século XIII, o que indica também contato com o mundo exterior.

Advento do islamismo
Um grande golpe para o caracter sacro do Borobudur foi a chegada do islamismo à ilha no século XIV. Os reis e seus súditos aderiram a nova religião de uma forma relativamente agradecida. A pregação de direitos iguais islâmica apresentou-se àquela sociedade estratificada como um melhor e mais justo sistema social. Muitos anos depois a religião serviu como elemento de união na luta contra os colonizadores europeus. Os antigos deuses foram esquecidos e os templos desmontados para servirem de material de construção.

O Borobodur felizmente escapou de tal destino. Seus adimiradores provavelmente o cobriram com areia e argila. Sobre esta camuflagem cresceu rapidamente a vegetação. Quando o Borobodur foi redescoberto no século XIX, cresciam sobre seu terraço grandes árvores.

Colonialismo
Uma nova etapa na história do Borobodur começou com a chegada dos ingleses no arquipélago. O ingleses administraram a colônia de 1811 até 1815. O governado geral de Java foi sir Thomas Stamford Raffles, homem progressista que acreditava que Java poderia ser o lugar de uma civilização desenvolvida. Raffles incumbiu o funcionário holandês H. C. Cornelius de explorar a região onde (como acabara de saber) havia, escondida pela vegetação, uma enorme construção.

Cerca de duzentos homens começaram a desencobrir o monumento e a restaurá-lo de maneira simples.

Localização
O Borobudur se encontra em uma região de terremotos freqüentes, de alta densidade pluviométrica e alta variação de temperatura. O sistema de drenagem original não era suficiente para expelir a água da chuva totalmente. A água penetrava na rocha, umedecendo os fundamentos da construção. Durante a noite e o dia, mudanças abruptas de temperatura faziam o andesito rachar. Devido as essas condições naturais e a séculos de desinteresse o estado do Borobudur tornou-se crítico.

Em 1973, o Borobudur começou a ser completamente reconstruido sob o patrocínio da Unesco. O monumento foi totalmente "desmontado", cada pedra foi marcada, tratada e limpada quimicamente, e novamente recolocada. A reforma custou 25 milhões de dólares e durou cerca de uma década.

Inscrito como Patrimônio Mundial na UNESCO em 1991.