O local onde o Pavilhão Dourado (designado formalmente por 'Shariden') se situa foi usado por volta de 1220 como local de descanso para Kintsune Saionji, mas o pavilhão em si só foi construído em 1397, para servir como local de descanso para o shogun Yoshimitsu Ashikaga.. O seu filho foi o responsável pela conversão num templo Zen de orientação Rinzai. Durante a Guerra de Onin o templo foi queimado várias vezes. O neto de Yoshimitsu criou o Ginkaku-ji inspirado no Kinkaku-ji, e tencionava cobrir o novo templo budista de prata, o que acabou por não conseguir fazer.

Em 1950, o templo foi incendiado por um monge que sofria de perturbações mentais, sendo relatada uma versão ficcionada dos acontecimentos no livro O Templo do Pavilhão Dourado de Yukio Mishima, que foi publicado pela primeira vez em 1956. A estrutura actual data de 1955.

Recentemente verificou-se que o revestimento estava um pouco estragado tendo-se reparado esta situação e colocado uma nova cobertura de folha de ouro, muito mais espessa que a original. Além destas medidas também se restaurou o interior do edifício, incluíndo as pinturas, sendo o telhado restaurado em 2003.

Inscrito como Patrimônio Mundial na UNESCO em 1994.

Os Monumentos Históricos da Antiga Quioto são um conjunto de monumentos declarados Património Mundial da Unesco nas cidades de Quioto, Uji e Otsu.

Este grupo de monumentos inclui o Kamowakeikazuchi-jinja, o Kamomioya-jinja, o Kyo-o-gokoku-ji, Kiyomizu-dera, o Keizan-Enryaku-ji, o Daimon-ji, o Ninna-ji, o Byodo-in, o Ujigami-jinja, o Kozan-ji, o Saiho-ji, o Tenryu-ji, o Rokuon-ji (mundialmente conhecido como Kinkakujii), o Jisho-ji, o Ryoan-ji , o Hongan-ji e o Nijo-jo.

Estes templos ilustram o desenvolvimento da arquitectura com madeira no Japão, particularmente a arquitectura religiosa e a arte dos jardins japoneses, que influenciou a paisagem jardineira por todo o mundo.

Inscrito como Patrimônio Mundial na UNESCO em 1994.